Instituto criado antes mesmo da atual Constituição Federal, a Substituição Tributária teve sua aplicação ampliada consideravelmente pelos fiscos estaduais, pois foi constatada sua eficiência no aumento da arrecadação tributária e na facilitação da fiscalização. Contudo, mesmo após legitimada junto a atual Constituição, sua aplicação permanece sendo arguida, vez que tem sua competência legislativa autorizada às 27 unidades da federação, acarretando em certos conflitos ou abusos pelos Fiscos Estaduais.

Dentre os abusos, neste momento, destacamos apenas dois: um com solução judicial – cobrança do ICMS sobre o frete nas operações FOB – e outro com solução administrativa – o aumento do markup de venda em consequência do excesso de margem de valor agregado para a cobrança do ICMS.      

Entende-se por contratação FOB a operação mercantil em que o vendedor coloca a mercadoria a “bordo” pelo preço estabelecido, ficando por conta do comprador as despesas de frete e seguro. Como bem se sabe, conforme determinado pela Lei Kandir, incide o ICMS sobre a circulação da mercadoria, tendo como base de cálculo o valor total da operação mercantil. Contudo, nas operações via FOB, o valor do frete é desconhecido pelo vendedor, estando impossibilitada a inclusão do mesmo na base de cálculo do ICMS. Desta forma, visando não perder receita, os Estados têm exigido dos compradores a diferença do ICMS na chegada do produto.

Ocorre que tal cobrança já teve declaração de ilegalidade pelo Superior Tribunal de Justiça, que, ao analisar a questão, confirmou que na Substituição Tributária está autorizada unicamente a exigência do ICMS apenas nas operações mercantis via CIF, pois nesta já se identifica a cobrança do frete e demais encargos. Portanto, cabe aos contribuintes que se virem compelidos à cobrança, levar o assunto ao judiciário para garantir a correta cobrança do tributo. Para o ajuste administrativo da cobrança do ICMS na substituição tributária cabe, primeiramente, destacar as duas alternativas de aplicação:
- Margem de Valor Agregado;
- Pauta Fiscal (preços de referência);

Usualmente, aplica-se à Substituição Tributária a MVA, pois por um único ato determina-se a margem de preço final que o gênero produto terá na venda ao varejo. Contudo, aos contribuintes que com a Substituição Tributária virem-se obrigados a corrigir seus preços de forma demasiada para a adequação ao pagamento do ICMS, cabe a análise sobre a alternativa de Pauta Fiscal. Nestas situações, a Lei Estadual autoriza que o fisco determine Preço de Pauta, onde o fisco deve avaliar de forma detalhada o preço praticado da espécie (distinção de marca para marca) no varejo e desta forma declarar, normalmente via instrução normativa ou portarias, sobre qual preço deve incidir o ICMS na Substituição Tributária.

Para regularizar tal prática, normalmente, cabe ao contribuinte (indústria, representante comercial ou distribuidora) requerer ao fisco de forma fundamentada que ajuste os preços à realidade comercial.